تفسیر تست های شناسایی انتروباکتریاسه

نحوه محاسبه و آنالیز نتایج 

الگوریتم شناسایی پلاگین بر اساس یک سیستم امتیازبندی وزنی کار می‌کند. هدف این است که به نتایج قطعی (مثبت/منفی) وزن بیشتری نسبت به نتایج متغیر (Variable) داده شود.

1. دریافت ورودی کاربر: اسکریپت PHP ابتدا تمام نتایج ارسال شده از فرم را دریافت می‌کند. تست‌هایی که “بدون پاسخ” علامت خورده‌اند، از فرآیند مقایسه کنار گذاشته می‌شوند.

2. پیمایش در پایگاه داده: الگوریتم به ازای هر باکتری موجود یک امتیاز اولیه (صفر) در نظر می‌گیرد و مراحل زیر را انجام می‌دهد:

• برای هر تستی که کاربر نتیجه آن را وارد کرده است، نتیجه ورودی با نتیجه ثبت شده برای آن باکتری در پایگاه داده مقایسه می‌شود.

• امتیازدهی بر اساس قوانین زیر انجام می‌شود:

• تطابق کامل (Full Match – امتیاز: +2): اگر نتیجه کاربر دقیقاً با نتیجه ثبت شده در دیتابیس یکی باشد (مثلاً هر دو positive یا هر دو negative هستند)، 2 امتیاز مثبت به باکتری تعلق می‌گیرد. این بیشترین امتیاز است زیرا نشان‌دهنده یک تطابق قطعی است.

• عدم تطابق کامل (Mismatch – امتیاز: -3): اگر نتیجه کاربر با نتیجه ثبت شده در دیتابیس در تضاد باشد (مثلاً یکی positive و دیگری negative باشد)، 3 امتیاز منفی به باکتری تعلق می‌گیرد. این جریمه سنگین باعث می‌شود باکتری‌هایی که حتی یک تست کلیدی مغایر دارند، به سرعت از صدر لیست حذف شوند.

• تطابق با نتیجه متغیر (Variable Match – امتیاز: +1): اگر نتیجه ثبت شده در دیتابیس برای یک تست variable باشد (یعنی سویه‌های مختلف آن باکتری می‌توانند مثبت یا منفی باشند)، در این صورت هر نتیجه‌ای که کاربر وارد کند (مثبت یا منفی) به عنوان یک تطابق احتمالی در نظر گرفته شده و 1 امتیاز مثبت به باکتری داده می‌شود. این امتیاز کمتر از تطابق کامل است، زیرا این تست قدرت افتراقی بالایی ندارد.

3. مرتب‌سازی و فیلتر کردن: پس از محاسبه امتیاز برای تمام باکتری‌های دیتابیس، لیست نهایی بر اساس امتیاز کل (از بیشترین به کمترین) مرتب می‌شود. باکتری‌هایی که امتیاز منفی بالایی دارند یا امتیازشان از یک حد آستانه کمتر است (در کد فعلی، امتیاز 0 و پایین‌تر)، معمولاً در لیست نهایی نمایش داده نمی‌شوند تا نتایج شلوغ و گمراه‌کننده نباشد.

4. نمایش نتایج: باکتری‌های برتر به همراه تحلیل تطابق تست‌ها (کدام تست‌ها منطبق و کدام نامنطبق بودند) و اطلاعات تکمیلی نمایش داده می‌شوند. این تحلیل به کاربر کمک می‌کند تا بفهمد چرا یک باکتری خاص در صدر لیست قرار گرفته و مغایرت‌ها در کدام تست‌ها بوده است.

۳. منابع علمی مورد استفاده

پایگاه داده بیوشیمیایی و اطلاعات بالینی این پلاگین بر اساس ترکیبی از معتبرترین منابع مرجع در زمینه میکروب‌شناسی بالینی تهیه و تدوین شده است. به عنوان یک کارشناس باسابقه، می‌دانم که تکیه بر یک منبع واحد کافی نیست، بنابراین اطلاعات از منابع زیر تلفیق و اعتبارسنجی شده‌اند:

1. Bailey & Scott’s Diagnostic Microbiology: این کتاب یکی از مراجع اصلی و استاندارد در آزمایشگاه‌های میکروب‌شناسی بالینی در سراسر جهان است. جداول بیوشیمیایی و خصوصیات افتراقی انتروباکتریاسه و سایر باسیل‌های گرم منفی عمدتاً از این منبع استخراج شده‌اند.

2. Manual of Clinical Microbiology (ASM Press): این کتاب که توسط انجمن میکروب‌شناسی آمریکا منتشر می‌شود، به عنوان “کتاب مقدس” میکروب‌شناسی بالینی شناخته می‌شود. اطلاعات دقیق در مورد تست‌های بیوشیمیایی، نتایج متغیر (Variable) و اهمیت بالینی پاتوژن‌ها از این منبع گرفته شده است.

3. Koneman’s Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology: این اطلس به دلیل تصاویر باکیفیت و جداول مقایسه‌ای جامع، منبع بسیار خوبی برای تأیید ویژگی‌های فنوتیپیک و بیوشیمیایی باکتری‌هاست.

4. مقالات علمی و پایگاه‌های داده آنلاین: برای نتایج مربوط به باکتری‌های نادرتر یا سویه‌هایی با پروفایل‌های بیوشیمیایی غیرمعمول، از پایگاه‌های داده آنلاین معتبر مانند LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) و مقالات منتشر شده در ژورنال‌هایی نظیر Journal of Clinical Microbiology (JCM) استفاده شده است.